Um ehrlich zu sein, kann ich dir diese Frage nicht beantworten. Als ich ein Thema mit den Netcup DNS Servern hatte, habe ich ewig im WWW recherchiert und ebenfalls den von dir genannten bzw. @aRaphael praktizierten Ansatz als möglich Lösung zum Ändern der DNS Server gefunden. Für mich war das allerdings immer ein Hack und so war ich ganz froh, irgendwo den Hinweis auf die passende Konfigurationsdatei gefunden zu haben.
Ich hab es gerade umgestellt. Das ist richtig gut.
Bei einem Server hatte ich es schon verschlimmbessert und musste den Symlink wieder herstellen:
ln -s /run/systemd/resolve/stub-resolv.conf /etc/resolv.conf
(Quell- und Zielfile sind bei ln verdreht.)