Also ich mache das immer mit dem Menüpunkt Let's Encrypt wenn es anders nicht funktioniert. Damit hat es bisher immer funktioniert. Anders selten bis nie, ist mir auch schon unangenehm aufgefallen. Aber den Support musste ich dazu bisher noch nie bemühen.
Jo das dauert einfach nen paar Stunden, es sei denn wer von netcup rebootet deinen webserver manuell