Ob man tatsächlich die Zertifikate zum Let's Encrypt Account zuordnen kann weiß ich auch nicht - ich wüsste ad-hoc nicht wie man dies über Certificate-Transparency tun könnte. Aber das ist auch wie von KB19 erläutert gar nicht nötig. Sich mehrere Let's Encrypt Accounts anzulegen schützt vor einer Daten-Aggregation jedenfalls nicht.
Nochmals zur Verdeutlichung - Diese "Info-Dienste" gehen wie folgt vor:
1. Sie monitoren öffentliche Quellen wie die Logs von TLDs und die bereits angesprochenen Certificate-Transparency Logs. Damit erhalten Sie zeitnahe Infos zu vielen neu registrierten Domainnamen und zu so gut wie allen neu ausgestellten Zertifikaten (inklusive aller SubjectAlternativeNames in den Zertifikaten).
2. Nun macht man einfach für all diese Namen ein DNS-Lookup und erhält so die IPv4 und IPv6 Adressen
3. In einer Datenbank abgelegt kann mit dieser Daten nun ganz einfach verknüpft werden, welche "Domains" unter der gleichen IP-Adresse gehostet werden
Du kannst dagegen nichts tun, außer - wie bereits erläutert - unter einer IP-Adresse nur einen WebAuftritt bereitstellen, in Zeiten von IPv4-Knappheit aber vermutlich ein teures und außerdem völlig unnötiges Unterfangen.
Die Aussage diese Dienste würden "jeden vHost" kennen ist aber jedenfalls nicht korrekt, sie kennen nur jene vHosts die sie aus irgend welchen Quellen "crawlen" können. Der WebServer gibt diese jedenfalls nicht einfach so preis. Wenn du z.B. nicht möchtest, dass öffentlich erkennbar ist das Du auch den vHost "meingeheimesforum.meinedomain.tld" betreibst, dann kannst Du z.B. ein *.meinedomain.tld Wildcard-Zertifikat beziehen um so einem Aufscheinen im Transparency-Log mit "meingeheimesforum.meinedomain.tld" zu entgehen. Aber bedenke: Security die auf Geheimhaltung von eigentlich öffentlichen Informationen beruht funktioniert ohnehin nicht.
Noch ein Hinweis: Bei DNSSEC signierten Domains kann über Zone Walking ganz einfach eine vollständige Liste aller DNS-Records enumeriert werden, Abhilfe bietet hier die Verwendung von NSEC3.
