Ansonsten bin ich nun auch mit meinem Latein bezüglich munin am Ende.
Das Einzige was mit noch einfällt, ist dass Apaches FollowSymLinks nicht angeschaltet ist.
Da könntest du mal in der apache24.conf von munin nach dem "Require all granted", statt "Options none" ein "Options FollowSymLinks" verwenden. (Und dann apache2 restart)
Wenn das auch nicht hilft, habe ich keine Idee mehr (Außer einer Neuinstallation)