und ich nicht will, dass alle Websites im gleichen Ordner liegen.
Das ist schon mal der richtige Ansatz, aber deine Umsetzung ist meiner Meinung nach fehleranfällig.
Ich würde hierfür folgende Umsetzung wählen:
- eigene Ordnerstruktur für Domains anlegen
- fürs DocumentRoot keine Unterordner einer anderen Domain für neue Domains wählen
Beispiel:
/mywebsites/www-domain1-de/
/mywebsites/sub-domain1-de/
/mywebsites/www-domain2-de/
/mywebsites/sub-domain2-de/
usw.
(ich habe es, da ich es übersichtlicher finde, für mich sogar noch weiter gesplittet: /mywebsites/domain.de/www/, usw.).
Vorteil: übersichtlicher und etwaige .htaccess-Dateien oder Unterordner beeinträchtigen keine anderen Webseiten die in tieferen Ordnern liegen.