Die Domain ist keinem Webhosting zugeordnet. Du kannst sie bedenkenlos dem vorhandenen Webhostingpaket zuordnen. Auf die dort bereits vorhandene Domain und deren Einstellungen hat das keinen Einfluss.
Die Löschwarnung bezieht sich auf ein Webhostingpaket, dem die Domain bisher zugeordnet ist. Dort würden dann z.B. Email-Adressen (inkl der Mails) entfernt, die zu der Domain gehören. Da die Domain bisher keinem Paket zugeordnet ist, kannst du die Warnung ignorieren.
Für die neue Domain kannst du im Webhosting einen anderen Pfad als für die vorhandene Domain festlegen, z.B. ein leeres Verzeichnis, damit beim Aufruf der neuen Domain nichts angezeigt wird. Wenn du möchtest, kannst du mit einer .htaccess in diesem Verzeichnis den Zugriff auch verbieten oder durch Löschen der A und AAAA Records den Webserver von der Domain "abklemmen". Der Server wird trotzdem für diese Domain antworten, aber ohne die DNS-Verbindung kommen die Webbrowser gar nicht so weit. Alternativ kannst du die Domain als Web-Weiterleitung anlegen. Email-Adressen sind dann trotzdem möglich, sowohl als Postfächer mit eigenem Speicher als auch als Weiterleitungen.
Die Webhostingpakete können mehrere verschiedene Websites hosten, nicht nur eine Website mit mehreren Namen, und du kannst in allen Domains, die dem Paket zugewiesen sind, unabhängig voneinander Email-Adressen und Weiterleitungen anlegen. Zusätzlich kannst du die DNS-Einstellungen bearbeiten und darüber Subdomains (oder die Hauptdomain) auf externe Dienste zeigen lassen.