Hätte tatsächlich gedacht, dass das deutlich größere Datenmengen als normal werden und der Server langsamer wird.
Heißt dann, so lange niemand mein Root / Server Passwort hat, kommt man garnicht mehr an irgendwelche Daten?
Blöd gefragt, macht es dann überhaupt noch Sinn, zusätzlich Daten zu verschlüsseln oder extra Container dafür zu erstellen, oder zum Beispiel bei NextCloud die Verschlüsselung zu aktivieren?
Wir entfernen uns hier immer weiter vom ursprünglichen Thema, sodass es ggf. ratsam wäre, weiterführende Fragen in einem neuen Diskussionsfaden abzuhandeln (ggf. können die Moderatoren hierzu Einzelbeiträge bündeln/umziehen und entsprechende Tags anpassen).
Um die obigen Fragen kurz und prägnant zu beantworten: Kommt darauf an. 
Verschlüsselung bedeutet immer mehr Arbeit, die Datenmengen werden aber in der Regel nicht deutlich größer. Je nachdem, welche Art der Verschlüsselung man wo verwendet (ganze Festplatte, einzelne Verzeichnisse auf Shell- (vgl. Heimatverzeichnis oder Unterverzeichnis eines Nutzers) oder Applikationsebene (vgl. NextCloud o. ä.)), hat das aber natürlich Auswirkungen auf die Kompressionsmöglichkeit der virtuellen Festplatte – wenn das Hostsystem nicht explizit mittels TRIM mitgeteilt bekommt, welche Sektoren als leer anzusehen sind, ist da keine Optimierung möglich, wie das im unverschlüsselten Fall wäre. Eine erste Übersicht der vielen Möglichkeiten findet sich etwa im Arch Linux Wiki.
Geschachtelte Verschlüsselung ist dann ratsam, wenn unterschiedliche Nutzer(gruppen) auf unterschiedlichen Ebenen (Host/VM/Anwendung) alleinigen Klartext-Zugriff haben sollen (es gibt Anwendungen, bei denen Betreiber Nutzerdaten nicht einsehen können, weil sie keinen Zugriff auf die zugehörigen Schlüssel besitzen).
Bei einer Vollverschlüsselung des Systems (wo nur der Bootcode unverschlüsselt vorliegt) ist zu beachten, dass der Host-Rechner/die KVM-Instanz nach einem (automatischen) Neustart natürlich ohne Zuführung des erforderlichen Passworts seine normalen Aufgaben nicht mehr erfüllen kann – aus diesem Grunde gibt es etwa "network bound disk encryption" (NBDE), bei welchem die betroffene Maschine "nach Hause telefonieren" kann (wobei man unterstellt, dass der Schlüsselserver entsprechend abgesichert, zumindest aber logisch getrennt betrieben wird) und nur hilfsweise auf die Kommandozeileneingabe eines Zugriffscodes wartet.
Die verschlüsselten Daten auf der Platte sind im Ruhezustand sicher (vgl. "Data at rest"); wenn der Rechner sie im RAM entschlüsselt (etwa, weil da das Betriebssystem drauf liegt), sind Teile natürlich derzeit theoretisch ungesichert – zukünftige CPU-Generationen sehen aber vor, dass auch hier eine Hardwareverschlüsselung zur Isolation bestimmter Nutzer(gruppen) – inkl. Kunde und Betreiber – zum Einsatz kommt (aber das ist auch eine Kostenfrage, bei einem günstigen Massenhoster wird derartige Hardware zumindest noch eine ganze Weile auf sich warten lassen).