Jop. Du kannst die Tabelle optimieren: MySQL :: MySQL 5.1 Reference Manual :: 13.7.2.5 OPTIMIZE TABLE Syntax
Da gibts auch ne Option in PhpMyAdmin für.
Ich hab das mit dem MySQL neu installieren leider zu spät gesehen, dann hätte ich Dir gleich sagen können das das Schwachsinn ist.
Das geht ganz einfach mit PhpMyAdmin.
Ich hab mal ein Screencast gemacht hehe: PhpMyAdmin Überhänge entfernen
Nach dem optimieren sind die Überhänge weg.
Es ist zu empfehlen das öfter zu machen. Ich habe dafür einen Cronjob angelegt der das jede Nacht macht. Mit diesem Befehl kann man per Konsole alle Datenbanken automatisch optimieren lassen:
mysqlcheck -u root -pPASSWORT --auto-repair --check --optimize --all-databases > /dev/null
PASSWORT muss natürlich durch das Passwort des MySQL root Benutzers ersetzt werden 
Da wäre ich vorsichtig.
Man kann mit REPAIR und OPTIMIZE auch viel kaputt machen. Wenn das automatisch läuft und da was schief läuft, und dann das nicht direkt merkt kann das böse enden. Würde vorm OPTIMIZE / REPAIR immer ein Backup machen und das auch immer Händisch machen.
Also sowas ist mir noch nie passiert!
Habe das schon mal in meinem Betrieb erlebt.
Da wären einige der Admins ganz schön laut am fluchen...