Ohne mehr Infos wird Dir kaum jemand helfen können:
Wo / wie rufst Du "index zu Installation" auf? Ich vermute, im Webbrowser auf Deiner Domain? Oder per ssh? Oder...?
Genau über https://meinedomain.de/install/index.php oder https://meinedomain.de/index.php
Wie sieht der entsprechende Verzeichnisinhalt aus?
Verstehe ich nicht ganz, von der Domain selber? Wenn ja sind es ja nur 2 Dateien.
Die index.php und die .zip wo Presta enthalten ist.
/naturwerkstoffe-shop.de/httpdocs
Wie lautet die Konfiguration der Domain, insbesondere bzgl. httpdocs?
/naturwerkstoffe-shop.de/httpdocs
Oder was genau wird gemeint?
Ist eine Test-Datei index.html in diesem Verzeichnis aufrufbar?
Nein ebenfalls File not found
Ich habe gerade mal naturwerkstoffe-shop.de aufgerufen und nun installiert er fröhlich pretashop. 
Ich mache aber besser mal nicht weiter... 
