Du hattest auf Windows "iCloud für Windows" installiert und die Keychain synchronisiert? Ich glaube nicht, dass damit die TOTPs kaputt geschrieben werden (kann es aber auch nicht ausschließen). Am besten noch einmal in aller Ruhe auf dem Mac in der "Passwort"-App kontrollieren, ob dort nicht ein Eintrag - eventuell unter einer anderen URL - existiert.
Für die Zukunft würde ich raten, immer einen OS-unabhängigen Passwort-Safe zu benutzen und TOTP-Secrets dort (zusätzlich) zu speichern. Die macOS Keychain nutze ich nur parallel aus Bequemlichkeit.