Wieso? Die Wartezeit läuft doch nur einmal, nachdem alle benötigten Records hinzugefügt wurden. Die werden ja gemeinsam überprüft von LE. (Glaube ich zumindestens, ich nutze acme.sh nicht!)
Den Logs nach zu urteilen wartet acme.sh wirklich nach jedem DNS Eintrag die entsprechende Wartezeit und fährt dann erst mit der nächsten Domain fort. Einen 15 Minuten Wait Timer finde ich jetzt aber auch etwas übertrieben. Da würde ich dann eher den DNS Provider wechseln als so etwas zu akzeptieren, falls das wirklich notwendig sein sollte. Ich selbst habe hier 5 Sekunden konfiguriert (ich nutze aber auch nicht die Netcup DNS API).