Schau mal im WCP unter "Einstellungen für Apache & nginx" deiner jeweiligen Domain und schalte falls nötig den Proxymodus ein und testweise "Intelligente Bearbeitung statischer Dateien" aus.
btw: die htaccess Datei muss im Stammverzeichnis deiner Domain liegen und der Dateiname muss mit einem Punkt beginnen, sprich ".htaccess"