Hallo, Du hast meiner Meinung nach 3 Möglichkeiten:
1.) du kopierst die Daten in das verzeichnis /backup (muss angelegt werden) und lässt den Server neu aufsetzen, der Inhalt von /backup sollte erhalten bleiben. (ein vollständiges Backup hast du ja für den Fall der Fälle) https://forum.netcup.de/showthread.php…light=%2Fbackup
2.) Du lagerst die Daten extern aus
3.) du entfernst Syscp und instalierst Confixx. Wobei ich dort Probleme sehe, da diese Verwaltungspanels vermutlich unterschiedlich arbeiten, Daten ablegen und mit Rechten umgehen (ich nutze diese nciht, daher eine Mutmaßung)
Wenn ich jedoch auf https://v*meineservernummer*.yourvserver.net gehe, kommt Der Server unter v*nummer*.yourvserver.net konnte nicht gefunden werden...
Vielleicht weil in der Standardinstallation kein SSL im Apache aktiviert ist? 
Probiers mal mit http statt https.
MfG Christian
