Moin
Der Wechsel von Centos 5 auf Centos 6 ist leider nicht so einfach, da etliche Programme in wesentlich neueren Versionen vorhanden sind, und Du die Konfiguration nicht 1:1 übernehmen kannst.
Du kommst also eh nicht drum herum, deine Konfiguration zu überarbeiten.
Die schnellste und sicherste Methode ist ein neuer vServer, auf den Du deine Daten migrierst.
Dann hast Du Zeit genug, die Programme zu installieren. die Konfiguration entsprechend anzupassen und dann alles zu testen.
Der Umzug vom alten auf das neue System lässt sich dann mit minimaler Ausfallzeit durchführen.
Wenn Du keinen neuen vServer nehmen möchtest oder kannst, geht das ganze natürlich auch mit VirtualBox (oder andere VM) auf deinem eigenen Rechner.
Dann kannst Du deine neue Konfiguration in Ruhe testen, bevor Du dich an die Live-Installation wagst.
Während der Installation kannst Du Deine Daten im Verzeichnis /backup deines vServers parken. Die werden bei einer Neuinstallation nicht gelöscht.
Ein Backup über das VCP solltest Du trotzdem noch machen. Falls was schief geht, hast Du dann noch ein funktionierendes System.
Mordor
Danke für die Tips. Ich habe einen Testlauf lokal gemacht und dann in weniger als einer halben Stunde den Server komplett neu aufgesetzt. Allerdings nicht auf CentOS 6 sondern Debian Squeeze. Ein paar Skripte und Diffs vorbereitet, dann merkt den Ausfall fast niemand (das ist mal ein Vorteil von wenig besuchten Domains 
