Ob IMAP oder POP3 genutzt wird, macht in diesem Fall keinen Unterschied. Es geht rein darum, welcher Host verwendet wird. Die gemeinsam genutzten Mail-Zertifikate bei Webhosting-Paketen lauten immer nur auf die mx___.netcup.net Hostnamen, dementsprechend muss das auch im jeweiligen Mailclient eingetragen werden. Die entsprechenden Daten sollten im CCP unter "Produkte" stehen, wenn Du das Lupen-Symbol anklickst. Let's Encrypt wird daran nichts ändern, das wird bei Plesk nur für HTTPS verwendet.
Ansonsten poste mal bitte die genaue Meldung, die ursprünglich zu Deiner Verunsicherung geführt hat. Im Moment scheinst Du da einige Sachen zu vermischen. Besser wir starten nochmals bei Null, um jegliche Missverständnisse auszuräumen.