Umpf - hättest du da mal bitte einen Link auf eine "Step-by-step"-Anleitung? Habe echt keinen Bock auf ein postgraduales Studium. Schon gar nicht von Sachen, die ich vergessen kann, so bald sie laufen.
1. Schreib dem Support das du den Server kündigen willst und Frag nach Kulanz sodass sie dich direkt aus dem Vertrag rauslassen. Fahre bis dahin den Server NICHT MEHR hoch, lass ihn ausgeschaltet. Falls keine Kulanz möglich ist verweise auf den Thread hier, vielleicht überlegt es sich der Support dann noch mal anders wenn die realisieren was noch alles auf die zukommt 
2. Wenn du unbedingt eine Online-Präsenz haben willst, buche ein Webhosting-Paket und nutze das. Scheinbar hat es bei Domainfactory vorher auch mit einem Hosting-Paket geklappt, dann sollte das hier auch ohne Probleme möglich sein. Für Apache, PHP, MySQL und Mail braucht man keinen eigenen Server unbedingt, und das netcup Hosting kann noch viel viel mehr (Perl, NodeJS, Python, ...).
3. Vergiss einfach die Idee einen eigenen Server im Internet zu betreiben zu wollen oder such dir einen anderen Anbieter weit weit weg von netcup...
Es tut mir leid aber du hast leider nicht im entferntesten die Kompetenz einen Server sicher im Internet zu betreiben. Du handelst dir damit viel mehr Ärger ein als du dir vorstellen kannst und scheinbar brauchst du keinen Server, ein Hosting reicht völlig aus, ist einfacher zu bedienen und macht weniger Kopfschmerzen.