Naja, zwischen beeinträchtigen und Bearbeitungszeit mindestens verzehnfachen liegen schon noch Welten. "Beeinträchtigen im meinerseits noch akzeptablen Sinn wäre vielleicht eine Verdopplung der Bearbeitungszeit eines Requests (inklusive Wartezeit auf die CPU). Wenn also deine Zeiten mal zwischenzeitlich von 2 Sekunden auf 4 Sekunden hochgehen, dann muss man das wohl hinnehmen. Bei 30 Sekunden hört der Spass natürlich auf.
Dazu müssten wir die Einstellungen kennen die Netcup vorgenommen hat, soweit mich nicht alles täuscht gibt der Hoster in Plesk die CPU-Zeit an in der ein Kunde die CPU nutzen kann, ist dieser Wert zum Beispiel auf unbegrenzt eingestellt ist es kein Problem den Server komplett auszulasten.
Aber hier ist halt auch noch das Problem mit dem hohen iowait es liegt ja nicht nur an der CPU.
Es ist und bleibt halt ein Shared Hosting und bei so vielen Kunden die sich eine Webserver Instanz teilen kann man nicht so wirklich gut trennen, da gibt es zuviel Einflüsse. Bei dem anderen Hoster den wir beide kennen
hat jeder Kunde auf dem Server seine eigene Webserver Instanz, dies ist aber auch nicht mit Plesk virtualisiert, läuft aber nach meinem empfinden stabiler.
Ich bin halt schon auf das Update hier gespannt eventuell tut sich dann ja was in der Trennung zu den anderen Kunden.
Ich stelle jetzt mal die krasse Behauptung auf, dass die Webhosting Pakete auch von Firmen gebucht werden. Da wird normalerweise niemand am Abend ein manuelles Backup erstellen.
Wobei, jetzt beim Home-Office vielleicht doch… 
Jetzt wird es aber sehr spekulativ, ein womöglicher IT Mensch macht jeden Mittag ein nicht konsistentes Backup auf einem Budget Hosting, sorry aber das klingt extrem an der Haaren herbeigezogen. Vor allem würde so jemand das ganze doch automatisieren, eventuell ist es aber auch die Seite der Bäckerei von nebenan die jeden Tag die Seite sichert 
Wegen Corona macht da schon eher Sinn.