Zum Hintergrund: ich betreibe auf dem Server aktuell eine MediaWiki-Instanz und möchte das gesamte System inklusive OS und ähnlichen aktualisieren.
Hier würde ich anregen, sofern möglich einmalig den Server kurz herunterzufahren, einen Snapshot zu exportieren/via FTP verfügbar zu machen und diese Kopie als Basis für Updates zu verwenden. Damit hat man zunächst auch eine Vorlage (Format, usw.) für spätere Images, welche man ggf. von Grund auf selbst erstellt. Management-Schnittstellen für das SCP sind hierbei nicht zwangsläufig zu installieren (optional allenfalls das im SCP erwähnte "qemu-guest-agent"-Paket, welches eine Schnittstelle zum Hostrechner darstellt, um Reboots o.ä. zu unterstützen).
Sofern das Wiki online verändert wird, ist natürlich sicherzustellen, dass hier eine Synchronisation im Rahmen der Vorbereitung eines neuen Upload-Images gewährleistet ist – analog sind auch anderweitige Konfigurationsänderungen immer zwischen beiden "Kopien" (Live-Instanz und heimisches Installations-Abbild) abzugleichen. Als willkommener Seiteneffekt lassen sich diese Änderungen dann aber auch immer erst am heimischen Rechner durchtesten (dort hat man ja keinerlei Probleme mit der Erstellung von Snapshots und dem Durchstarten der VM).