Glue-Records sind leider immer wieder ein Problem. Existieren sie bereits, und man trägt sie anlässlich eines Transfers neu ein, passiert beizeiten so etwas, wie bei Dir.
Denkbare Workarounds:
A) cloudflare o.ä. nützen,
B) A und AAAA Deiner Nameserver in einer anderen Deiner Domains nützen und wechselseitig verwenden
C) He.net (IPv6-Broker) bietet Secondary NS kostenlos an - hiermit eventuell einen hidden Master bauen?
D) Billigst-Domains mit unterschiedlichen Endungen für je einen Nameserver verwenden.
All die Workarounds B+C haben mir bei einer .at über das Wochenende nichts geholfen, weil beim Eintrag der eigenen Nameserver nach anfänglich anderer Fehlermeldung ein von netcup generiertes Whois-Object die Übernahme des Nameserversets verhindert hat.
Ich hoffe, Du hast mehr Glück!