mmh, das hört sich danach an, als wenn der zum Zeitpunkt des deployens (und auch noch danach) files im Zugriff hat, die im anderen/alten Verzeichnis liegen.
Da das ein Webshosting Paket ist, wirst Du keine Möglichkeit haben, den apache mit "service apache restart" beim deployen neu zu starten (dann sollte er definitiv neue symlinks erkennen)
Da ich nur root-server habe, kann ich das sonst leider nicht nachvollziehen