Zunächst kann ich absoluit nachvollziehen, dass man auch als IT versierter Techniker einige Projekte auf einem einfachen Hosting betreiben will, um sich Arbeit und Zeit zu sparen - mache ich grundsätzlich bei simplen Projekten genauso. Nicht für alles muss ein eigener RS/VPS her.
Daher sehr schade, dass du hier auf so viele Probleme stößt, sodass von einer Arbeitserleichterung gar nicht mehr die Rede sein kann.
Trotzdem wundern mich ein zwei Dinge.
Ich habe inzwischen herausgefunden, dass Stammverzeichnisse, die nicht direkt im root liegen, nicht richtig funktionieren. Beispiel: /httpdocs oder /mywebsite.com funktionieren, aber /httpdocs/mywebsite.com oder /www/mywebsite.com funktionieren nicht.
Das stimmt so erstmal nicht. Mein eigene STruktur im Webhosting 2000 ist folgendermaßen aufgebaut:
/www/domain1.tld/subdomain1/
/www/domain1.tld/subdomain2/
/www/domain2.tld/subdomain1/
/www/domain2.tld/subdomain2/
usw.
Klappt einwandfrei.
Auch LE klappt bei mir ohne Probleme. Aber wie du schon sagtest, gibt einige Meldungen dazu im Forum - wird also nich auf jeder Node einwandfrei laufen.
Der doppelte SAN-Eintrag kommt evtl durch den optionalen Haken 'www' mit einzuschließen?
pasted-from-clipboard.png
kA, nie genutzt.
Auch ist es nicht unüblich, dass für die Mailserver eben nicht LE genutzt wird, sondern vom Provider eigenst organisierte Zertifkate. Dann nutzt man eben nicht mail.domain.tld, sondern den direkten FQDN mxXXXX.netcup.net. Machen andere Provider teils genauso.
Jetzt kommt das Komische, die Apache Logs zeigen bei Anfrage einer existierenden Datei Status 200 (OK), aber nginx sagt trotzdem 404 und für den Index wird eben "Domain noch nicht zugewiesen / in Zuweisung" zurückgegeben.
Das wundert mich aber tatsächlich. Solange die Domain keinem Hosting zugewiesen wurde (Fehlermeldung), sollten eigentlich keine Logs im Apache auftauchen können - wie denn auch, die Logs sind ja vom Webhosting, das man zuvor zuweisen muss. Hast du dieses Problem sowohl bei Inklusiv- als auch bei externen Domains?
Hilft dir alles nicht weiter, ich weiß. Soll nur zeigen, dass das Webhosting hier prinzipiell schon funktioniert und entweder deine Node wirklich ne kaputte Config hat (soll schon vorgekommen sein) ode dein Setup (eigene NS, usw) evtl irgendwo nicht ganz sauber läuft. Ggf. wäre es ratsam sich an den Support zu wenden.
Ggf. kann hier der Netcup Support weiterhelfen?! Versuch isses wert.
Beginnt jedes mal meine Auge an zu zucken... Bin wohl noch immer traumatisiert von vielen Homepages damals, als es offenbar verpflichtend war, diese mit besonders vielen bunten Gifs vollzuballern und eben Comic Sans zu nutzen - natürlich in möglichst vielen Farben. 
