Die hier gezeigte Konfiguration ist korrekt und kann nicht erklären, warum nur der zuletzt aktivierte virtual Host Block berücksichtigt wird. Auch die von Dir am Montag geposteten Listen und NameVirtualHost Direktiven sind korrekt, solange mod_ssl aktiv ist; das ist aber augenscheinlich der Fall.
Das nächste wäre, in den nicht gezeigten Dateien zu suchen, und dabei insbesondere auf die Include Reihenfolge und doppelt vorkommende Direktiven zu prüfen. Dazu müsstest Du aber den kompletten Inhalt von /etc/apache2 zur Verfügung stellen (als tar, zip o.ä).
Erstmal ja - oder ist die Migration unter Debian 7 möglich, ohne größere Probleme zu bereiten?
Dein Problem ist Debian 7. Ab Juni gibt es dafür nicht einmal minimalen Support. Wenn für irgendein genutztes Programm eine Sicherheitslücke veröffentlicht wird, musst die dann wahrscheinlich vorhandenen Patches selbst portieren bzw. die Lücke auch selbst schließen. Wenn Du aktuell keine Zeit für ein Upgrade hast, musst Du Dir jetzt sofort die Zeit nehmen, das Upgrade zu planen, Anfang Juni brauchst Du ein funktionierendes Konzept.