Ich hatte das selbe Problem. Die eigentliche Ursache war bei mir, daß die default-route für IPv6 nach (ich glaube) fünf Minuten verfällt und dann nicht erneuert wird. Wenn man die default-route dann erneut per Hand setzt geht es bis zum nächsten Neustart.
edit: schau mal nach, was nach einem Neustart "ip -6 r s" ausgibt.
edit2: ach ja, auch das setzen einer default-route in der /etc/network/interfaces hat an diesem Verhalten nichts geändert.