Ich habe de Meldungen erst vor 10 Minuten gesehen, 890 Emails kurz nach Mitternacht (00:11 und 00:12) für 2 meiner 3 überwachten Sites!
Entsetzt an den PC gesetzt und nachgeprüft.
Beide Webseiten (Google Safebrowsing und die Website-Klinik) zeigen alles grün an.
Ich vermute eine Fehlfunktion. 
Sollte der MX Record dann auch auf diese Subdomain / Server FQDN zeigen?
Ja, die Domain im MX Record und der rDNS (PTR) Record sollten identisch sein, dann gibt's beim Mailversand am wenigsten Probleme.
Evtl. hast du bloss eine lokale ignoreip variable gesetzt, statt global?
Und welches Jail schlägt denn an (steht mit [jail-name] im fail2ban.log)?
Das Verzeichnis /usr/lib/dovecot/deliver ist allerdings leer
Der Pfad kommt mir nicht bekannt vor.
Bei 'Permission denied' solltest du auch mal in /var/log/audit/audit.log gucken (| grep denied | grep dovecot), falls SELinux läuft.
Gibt es eigentlich sowas wie ein "Script" dass meinen Server auf möglichst viele Schwachstellen prüft oder kann man sich das schenken wenn man die gängigen Regeln befolgt?
Ein schönes Skript ist testssl.sh welches die SSL/TLS Konfigurationen auf bekannte Schwachstellen checkt.
Damit lässt sich die korrekte Verschlüsselung von Web- und Mailserververbindungen überprüfen (da es in diesem Thread ja hauptsächlich darum geht).
Wahrscheinlich limitiert dein PHP den Zugriff auf Verzeichnisse ausserhalb des Web Roots (Standardverhalten).
Im Webserver oder PHP-Logfile steht dann etwas wie
PHP Warning: is_readable(): open_basedir restriction in effect. File(/usr/share/fonts/truetype/ttf-dejavu/DejaVuSans.ttf) is not within the allowed path(s) [...]
(Beispiel von nginx / php-fpm)
Siehe auch: PHP: Beschreibung der php.ini-Direktiven des Sprachkerns - Manual
4 Sekunden bis zur ersten Antwort (auch ohne https) ist schon sehr lange. 
Meine WordPress Seite hatte ähnliche Antwortzeiten auf einem Shared Webhosting.
Mit dem Umzug auf meinen Root Server M v6 SSD (auch nginx/php-fpm) ist diese jetzt bei erträglichen 500-700ms (weitere Optimierungen mit WP-/PHP-Caches sind noch auf der TODO-Liste).
Eine andere Webseite mit einem einfachen PHP Skript, dass aus einer Datenbankabfrage eine Tabelle generiert, antwortet in 45ms.
Ich setze auf CentOS 7, nginx 1.8.0 (vom nginx repo), PHP 5.6.12 (vom remi-php56 repo) und mariadb 5.5.41 (CentOS repo) und bin äusserst zufrieden mit der Performance.
Kannst du deine OS, nginx, php-fpm und mysql/mariadb Versionen, sowie (auszugsweise) deine nginx und php-fpm Konfigurationen posten?
Dieser Server hat keine funktionierende Internetverbindung
Diesen Fehler habe ich auf meinem vServer auch (obwohl ich 'has_internet_connection' auf true gesetzt habe in config.php).
Scheint ein cURL/NSS problem mit PHP zu sein, siehe Error: server is not connected to the internet message - but I am, or so I think ... · Issue #16255 · owncloud/core · GitHub.
Kann im Prinzip ignoriert werden, wenn OwnCloud soweit funktioniert.
Ich habe nicht den Größten Speicher auf meinen PC daher kann ich das mit der Virtuellen Maschine nicht nutzen auch wenn die nur 10 GB oder so Braucht.
Ich hab meine Netcup vServer Test-VM (VirtualBox) mit dem gleichen Setup wie mein RootServer M v6 SSD auf einem 32GB USB 3.0 Stick, damit ich sie immer dabei haben kann.
Außerdem denke ich das ca 8€ Im Monat nicht das Große Geld ist und natürlich lernt man aus seinen eigenen Fehlern.
Selbstverständlich. Ist ja auch gut, hast du den Server jetzt geschrottet, und nicht wenn zig Webseiten und Services drauf laufen. 
Neulinge hier im Forum werden von den erfahreneren regelmässig darauf hingewiesen, dass der halt Admin für seinen Server haftet.
Empfohlene Lektüre: "Admins haften für ihre Server"
Ja ich habe es leider als root durchgeführt. Es gibt aber sonst keine möglichkeit jetzt noch ein backup von gewissen ortnern zu machen oder?
Also den Inhalt der Dateien kannst du schon sichern, der ist ja noch da.
Beim Zurückspielen musst du dann die Inhalte, nicht die Dateien kopieren, einzelne Config Files z.B. mit
cat /mnt/backup/datei1 > /datei1Kann es daran liegen das ich
Codechmod -R 0770 /
gemacht habe?
Wenn du das als root gemacht hast, sind damit die Zugriffsrechte praktisch aller Dateien kaputt.. 
sshd ist ziemlich pingelig, wenn wichtige Konfigurationsdateien oder -ordner zuviel Zugriff zulassen (z.B. die zweite 7 ist rwx für die Gruppe).
Falls das wirklich root war, dann kenne ich keine Lösung, das Malheur zu beheben. Backup einspielen oder neu aufsetzen.
Wenns nur der nornale Benutzer war, dann wird sshd (evtl temporär im debug Modus starten) ausgeben, welche Dateien in ~/.ssh unerwünschte Flags haben.
Aber selbst wenn... eig. dürfte doch einfach gar keine Verbindung zustande kommen, da ja auf Port 110 weder etwas lauscht, noch via iptables geöffnet ist?!
Hm, die einzige Erklärung, die ich dafür hätte, ist dass du nicht bei dem Server landest, den du ansprechen möchtest.
Geben ifconfig auf dem Server und ping -a von ausserhalb die identische IP an?
Zeigt der telnet auf Port 80 im Webserver log was an?
Vielleicht ist auch ein x-inetd am laufen, der dynamisch Ports in Beschlag nimmt (keine Ahnung, ist schon ein paar Jahrzehnte her, seit ich das letzte mal damit zu tun hatte
Also ich kenn mich ja mit iptables nicht soo gut aus (ich hab CentOS 7 und firewalld), aber müsste da nicht irgendwo ganz unten noch ne DROP rule drin sein, um die restlichen Pakete zu verwerfen?
Was läuft denn auf Port 110?
netstat -tulpen | grep :100Ich habe zusätzlich noch folgende Tipps (ich habe CentOS 7 mit Nginx statt Apache, daher nicht so viele Überschneidungen):
Meinen vServer habe ich jetzt seit über 3 Monaten und bin immer noch (trotz vielen Jahren Linux-Erfahrung) am Einrichten und Feintunen.
Also nicht verzweifeln, wenn etwas nicht gleich klappt.
Danke an alle für die ganzen Hinweise!
Ich habe bei meinem vServer (CentOS 7*) und den zugehörigen Domains jetzt auch SPF, DKIM und DMARC installiert / aktiviert und es war wirklich nicht schwer.
* Ich bin hauptsächlich nach dieser Anleitung vorgegangen: How to install and integrate DKIM with OpenDKIM and Postfix on a CentOS 6 VPS | RoseHosting.com Linux VPS Hosting Blog
Zum Thema, warum die GeoIP-Datenbanken überhaupt aktualisiert werden müssen:
Da es im Prinzip keine IPv4-Adressen mehr gibt (alle vergeben, fast alle belegt), werden die gerne (paketweise) gehandelt.
Eine IP-Adresse (genauer: ein ganzer IPv4-Block), die also mal zu Rumänien gehörte, kann mittlerweile in einem ganz anderen Land vergeben werden.
Wenn eine GeoIP-Datenbank diese Änderung nicht nachführt, wird ein Server in Deutschland einem anderen Land zugeordnet.
Dazu gibt's nen guten Artikel bei heise:
Second-Hand IPv4-Adressen shoppen? Käufer aufgepasst! | heise Netze
Muss man etwas besonderes beachten, wenn man vom alten virtio auf e1000 umstellen will? Poweroff und dann ändern ist wohl das Minimum..
Auf meinem Server habe ich CentOS 7 am laufen.
Ist zwar schon etwas länger her seit der Frage.. Ich schreib trotzdem
Ich setze auf Webmin mit dem Authentic Theme. Damit siehts modern aus und ist responsive design, d.h. sieht auch auf dem Smartphone gut aus.
Damit Port 10000 nicht direkt offen stehen muss, geht alles über Nginx mit HTTPS auf einer Subdomain.
Danke für das rasche Update.
Auch wenn ich die Mail erst gesehen hatte, als der Server bereits seit 2 Stunden wieder problemlos lief. Downtime war knapp 10 Minuten laut logs.
FYI - Mein Root-Server M SSD v6 hat dieses Feature noch (und auch die anderen wie Snapshots und echte CPU-Cores statt vCores).
Der 'Root-Server M Generation 6' in der von Dragon verlinkten Übersicht ist der aus der Aktion, wobei da nichts von der Einschränkung mit dem DVD-Laufwerk steht..