Also zumindest bei Ubuntu geht das mit letsencrypt so:
apt-get install letsencrypt
letsencrypt certonly --webroot -w /var/www/mydomain.de/html -d mydomain.de -d www.mydomain.de -n -m mymail@googlemail.com --agree-tos
Und schon hat man die Zertifikate im Ordner '/etc/letsencrypt/live/mydomain.de/'.
Diese trägt man nun in der Apache Config ein und fertig.
Und was das renew betrifft, ein Cronjob der einmal am Tag
letsencrypt renew -m mymail@googlemail.com --agree-tos
ist alles was nötig ist. Damit werden die Zertifikate automatisch verlängert wenn sie nur noch ein Monat haben...
Läuft bei meinen Servern problemlos, und das schon länger als 3 Monate 
Thomas