Um mal eine etwas andere Meinung zu vertreten:
Eine GUI auf Servern ist keineswegs unüblich. Als Freelancer im IT Bereich sehe ich viele Firmen von innen. Und bei einem Großteil dieser Firmen läuft auch auf Linux Servern eine Desktop Umgebung.
Man muss es nur richtig machen, dann ist das sicherheitstechnisch absolut kein Problem. Ich empfehle hier nicht zusätzliche Dienste wie einen VNC Server zu installieren, sondern das komplett über SSH zu machen.
Im wesentlichen gibt es da zwei sehr brauchbare Server:
Nomachine NX oder das freie (und meiner Meinung nach inzwischen bessere) X2go. Verbindungen damit sind schnell, gehen ausschließlich über SSH und sind daher verschlüsselt und bringen keine öffentlichen Dienste (jedenfalls bei X2go ist das so. Bei NX soweit ich weiß ebenfalls, bin mir da aber nicht 100% sicher).
Außerdem hast du (fast) keinen zusätzlichen Ressourcenverbrauch dadurch. Die GUI Startet hier nicht beim Systemstart, sondern wenn du dich anmeldest wird explizit für dich eine Session mit eigenem X-Server gestartet. Ist also eher vergleichbar mit dem Microsoft Terminal Server Prinzip. Nur eben, dass keine GUI beim Systemstart gestartet wird.
Und zum Thema warum das ganze?:
Wenn man produktiv auf dem Server arbeitet, hat man gut und gerne mal 3-5 SSH Sessions auf. Das kann gelegentlich unübersichtlich werden. Wenn man mehrere Server verwaltet werden aus diesen 3-5 auch gerne mal 10 - 15. Hier verliert man den Überblick sehr schnell. Wenn man nun einfach für jeden dieser Server eine X2go Session hat, sind diese vielen Terminalfenster schön gruppiert. Und man kann über einen Klick neue Sessions auf dem entsprechenden Server starten und muss nicht jedes mal eine neue Session aufmachen, was mit mehreren Klicks und/oder passphrase Eingabe verbunden ist.
So eine X2go Session kann also enorm Effizienz steigernd sein.
Auch lassen sich mit X2go sessions "einfrieren", so dass ich am nächsten Tag einfach in meine alte Session mit all den offenen Terminals zurück kehren kann. Es gibt natürlich auch tools wie "screen", die das ohne X erlauben. Effizient ist das aber nur bedingt.