Vielleicht solltest Du auch nicht die automatisierten Tests starten (die eine CI-Umgebung ewarten) sondern stattdessen letsencrypt.sh verwenden.
Für Details, siehe den Abschnitt Usage
Da man selbst nicht zwingend Zertifikate erzeugen muss, genügt es die domains.txt anzulegen, bei Bedarf eine Konfiguration und einen Befehl abzusetzen.
Bei mir sieht das in etwa so aus (…/bin/update.sh
#!/bin/bash
cd "$(dirname "$0")"
../vendor/letsencrypt.sh/letsencrypt.sh --config ../config/config.sh --cron
In der Konfiguration habe ich nur WELLKNOWN definiert, was man natürlich nicht machen muss.
In den VirtualHosts bzw. der HTTP-Konfiguration muss man dann noch die Challenge-Dateien zugänglich machen. Für Apache habe ich weiter oben schon eine Möglichkeit verlinkt. Für nginx kann man die offizielle Dokumentation konsultieren. Ich hoffe, dass damit alle Fragen geklärt wären.