Grundsätzlich kann man eine VM nicht vor dem Host schützen, auf dem sie läuft. Den Guest-Agent nicht zu aktivieren macht es zwar schwerer, kann es aber nicht verhindern. Letztendlich muss man sich einfach fragen, ob man dem Hoster vertraut, oder nicht. Wenn man ihm nicht vertraut, sollte man dort nicht hosten.
Der Guest-Agent dient vor allem dazu, das Load-Balancing bei geteilten Resourcen zu optimieren. Ihn nicht einzusetzen schadet letztendlich Allen, da ungenutzte Resourcen, wie beispielsweise freier Arbeitsspeicher, nicht für andere VMs freigegeben werden können, oder anders gesagt: Es ist asozial. Zudem glaube ich nicht, dass die Root-Passwort-Funktion auf diese Weise funktioniert. Da der Server dafür heruntergefahren werden muss, gehe ich davon aus, dass Netcup die Images dann extern mountet und anschließend ein Script nach bekannten Strukturen, wie z.B. einer /etc/shadow-Datei sucht. Wer das verhindern will, müsste die Festplatte verschlüsseln, was ebenfalls wieder eine effiziente Resourcen-Nutzung unterbindet, und ebenfalls nicht völlig verhindern kann, dass der Host auf die VM Zugriff erlangt.
Die SCP Snapshots können ggf. groß sein und die Disk-Optimierung kann ggf. mehr oder weniger nichts mehr für dich tun, das kommt aber auf das konkrete Setup an.
Die Disk-Optimierung dient eher Anderen als einem selbst, Stichwort "Thin Provisioning". Ohne diese Möglichkeiten könnte Netcup aber vermutlich nicht so günstig anbieten. Außerdem schont freier Speicherplatz die SSDs, da Wear Leveling dort besser stattfinden kann.