Auf der dovecot Seite gibt es glaube ich eine Hilfe eine mdbox von Lokal zu einem IMAP Server zu transferieren.
Im ungünstigsten Fall muss du evtl. eine VM (lokal sollte reichen) aufsetzen, da das Backup einspielen und dann die Daten übertragen.
Wichtig ist, das Backup vorher einmal kopieren und dann immer nur mit der Kopie arbeiten. SO kannst du im Fehlerfall das ganze einfach wegwerfen und eine neue Kopie nehmen.
Wenn du eine VM mit einem IMAP Server aufgesetzt hast, kannst du unter Windows mit Imapsize alles sichern.