Prinzipiell hast Du ( ctrlF) meiner Meinung nach vollkommen recht. Alles unter *.netcup.de oder *.netcup.eu wäre wesentlich einheitlicher und das wurde in den letzten Jahren auch schon öfters vorgeschlagen. Der Domain-Wildwuchs ist jedenfalls wirklich sehr suboptimal: netcup-status.de, netcup-news.de, netcup-wiki.de, netcup-sonderangebote.de, … – eigentlich spannend, dass das Forum nie unter netcup-forum.de betrieben wurde. 
Ich versuche das mal aus Kundensicht zusammenzufassen, falls es irgendwen interessiert: Früher, ganz am Anfang, war das CCP ausschließlich unter ccp.netcup.net erreichbar. Das VCP (der Vorgänger des heutigen SCP) hatte immer schon eine eigene Domain – vservercontrolpanel.de und servercontrolpanel.de. Womöglich spielten dabei Gründe rund um Whitelabeling für Reseller eine Rolle, aber das ist nur reine Spekulation.
Das Webhosting (ursprünglich Confixx; später Plesk) hatte zur Verwaltung auch immer Subdomains unter *.netcup.net, was dem Hostnamen des jeweiligen Servers entsprach. Nur das zentrale WCP (Parallels Plesk Automation) dazwischen hatte wieder eine eigene Domain: webhostingcontrolpanel.de
Die NET-TLD für Hostnamen inkl. PTR u.ä. Dinge zu verwenden ist durchaus branchenüblich. Die Control Panels dann ebenfalls unter dieser Domain zu betreiben, kann aber einen gravierenden Nachteil haben. Man muss nämlich bedenken, dass die Standardsubdomains der Kunden (hostingXXXXXX.XXXXX.netcup.net) ebenfalls unter dieser Domain laufen. Dass das nicht so ideal ist, stellte sich 2018/2019 sehr eindrucksvoll heraus:
Bezogen auf die Control Panels natürlich falscher Alarm! Daraufhin wurde als temporärer Workaround ccp.netcup.de eingerichtet und einige Zeit später wurde schlussendlich customercontrolpanel.de gestartet:
Die Plesk-Zugänge wurden zu dieser Zeit auf *.webhosting.systems umgestellt, um endgültig alle Control Panel aus der NET-Domain zu verbannen und die zuvor verlinkten Probleme loszuwerden. Warum nicht irgendwann alles auf die DE-Domain umgestellt wurde? Keine Ahnung, wahrscheinlich weil so global klingende Domains ohne netcup im Namen irgendwem im Unternehmen gefallen. 
EDIT: Ich war mal wieder zu langsam, wurde mittlerweile schon fast alles von meinen Vorpostern erwähnt…