Die Kernfrage sollte sein: Sind die Eingaben oder Ausgaben Deiner PHP-API (ist im Grunde ja nichts anderes) geheim oder sowieso für die Öffentlichkeit bestimmt? Falls Ersteres zutrifft, wirst Du um ein Login/Session System nicht herumkommen.
Die Anfragen zu verschleiern oder anderweitig zu verschlüsseln ist bei JavaScript, das im Browser ausgeführt wird, völlig sinnbefreit. Durch die eingebauten Debuggingtools jedes Browsers, die selbst Laien bedienen können, erreicht Du damit gar nichts.
Fakt ist, Du kannst nicht limitieren, von wo das PHP-Script angesprochen wird. Die Anfragen kommen von den Clients und damit aus einer Umgebung, die Du nicht unter Kontrolle hast. Da ist alles manipulierbar, es ist immer nur ein Katz und Mausspiel. Sorge lieber dafür, dass keine Sicherheitslücken existieren und nur jene Informationen abgerufen werden können, für die ein User die Berechtigung hat.
Ohne weitere Details, wird man Dir nur schwer gezielte Tipps geben können. Das sind die allgemeinen Hinweise, die wir Dir geben können.