Zuerst musst du den TS Server mit "./ts3server_linux_amd64 createinifile=1" starten.
Wenn du das gemacht und die ts3server.ini bearbeitet hast musst du nur noch in die Datei "ts3server_startscript.sh" folgendes eintragen "COMMANDLINE_PARAMETERS="inifile=ts3server.ini".
Vielleicht hilft dir auch das hier weiter: Teamspeak 3 - netcup Wiki.
Grüße