Hi,
einen Node.js-Server kannst Du mit Froxlor so nicht verwalten. Zum starten/stoppen des Node-Prozesses bräuchtest Du am besten ein entsprechendes Webinterface, wobei mir da leider keines bekannt ist (auf die Schnelle nur GitHub - FGRibreau/forever-webui: A simple web UI for efficient NodeJS processes administration gefunden, weiß aber nicht ob man mehrere Benutzer/Berechtigungen verwalten kann).
Wenn Du in Froxlor dafür sorgst, dass der Kundenordner nicht über den Webserver erreicht werden kann könntest Du aber zumindest den Node-Ordner in das Kundenverzeichnis legen, dann hat dieser schonmal FTP-Zugriff. Soweit ich das in Erinnerung habe kann man in Froxlor eigene VHost-Einstellungen pro Domain hinterlegen, dann könntest Du mittels mod_proxy die Domain auf den entsprechende Port weiterleiten. Das beeinflusst dann auch keine anderen Kunden.
Vielleicht hilft Dir das ja schon einmal weiter.