Ich hatte das Problem auch mal. Da hat netcup mir geschrieben: Bitte einmal folgenden Befehl ausführen "fstrim -va". Hierbei werden die markiert gelöschten Blöcke auf dem Server Image endgültig entfernt. Danach sollte die richtige Speicherplatzgröße im SCP angezeigt werden.
Edit: es kann etwas dauern bis das SCP sich aktualisiert hat 
