Zumindest, wenn die pre/post Scripte in der Konfigurationsdatei für die jeweilige Domain mit hinzugefügt wurden, sollte das bei der automatischen Verlängerung mit ausgeführt werden. Ausprobiert habe ich es aber auch noch nicht.
/etc/letsencrypt/renewal/${certname}.conf
Code
# Options used in the renewal process
[renewalparams]
account = xx
authenticator = apache
installer = apache
server = https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory
pre_hook = bash /path/to/script.sh
post_hook = bash /path/to/script.sh
Zur Not könnte man den "certbot renew" mit allen Script-Parametern auch über Cron ausführen lassen