Bei dem Symlink geht es darum, alle vHosts in dem Ordner /etc/nginx/sites-available abzulegen, und nur die die man auch wirklich aktiviert haben will per Symlink ins Verzeichnis /etc/nginx/sites-enabled zu legen. Möchte man dann einen vHost deaktivieren, muss man nicht das Original löschen oder irgendwo hinverschieben, es langt, den Symlink zu entfernen. Benötigt wird das nicht, ich persönlich - und sicher auch andere - finde es eine elegante Lösung.
Gruß,
-Pit