Das Hosting hat eine IPv6-Adresse. Dein Server hat möglicherweise auch eine oder mehrere, aber nicht die des Hostings. Das sollte dich nicht überraschen, und du solltest in der Lage sein, die Adressen zu finden, oder die AAAA-Records wegmachen, bis du das überschaust. IPv6 zu konfigurieren und dann ungetestet zu betreiben, ist Ursache vieler Probleme mit IPv6.
Die Webhostings von Netcup sind normalerweise mit IPv6-Unterstützung konfiguriert und dafür sind die AAAA Records, aber wenn du die löschst, schadet das auch nicht wirklich. Wie gesagt, damit bist du immer noch in guter Gesellschaft.
Die Zuweisung der Domain an dein Webhosting sorgt dafür, dass der Netcup-Webserver und der Netcup-Mailserver Anfragen für deine Domain bearbeiten, und über die DNS-Einstellungen auch dafür, dass diese Anfragen an diese Server gerichtet werden. Wenn du die DNS-Einträge änderst, gehen die Anfragen dahin, wo das DNS sie hinschickt.