Wenn, müsste das direkt im Update-Script geändert werden oder die entsprechende Anweisung direkt manuell über phpmyadmin durchgeführt werden.
Ich weiß aber auch nicht, ob das ganze überhaupt geht, wenn das INDEX-Recht nicht gegeben ist. Wobei das eigentlich der Sinn des ganzen ist.
Dann weiß ich aber auch nicht was Netcup dazu sagt wenn es funktioniert. Ich habe mit Shared-Hosting keine Erfahrung und kenne auch die Konfiguration bei Netcup nicht. Wie gesagt sind Indizies auch gerne mal sehr Ressourcenlastig.