Ich habe Froxlor nicht selbst installiert da ich das von netcup erstelle image nutze:
Meine Seiten werden auch alle nur in sites-enabled gelistet, passt also so.
Dass Froxlor seinen Job nicht machen kann, wenn es nicht per Cronjob aufgerufen wird, dafür kann es nichts.
In meiner /etc/cron.d/froxlor steht die Zeile wie folgt:
*/5 * * * * root /usr/bin/php5 -q /var/www/froxlor/scripts/froxlor_master_cronjob.php
/etc/init.d/cron restart
hast du ausgeführt?
Ein älteres Froxlor zu nehmen macht keinen Sinn, da geht eher weniger als mehr.
In Sachen Kompatibilität am besten die Entwickler in IRC fragen oder das Froxlor Wiki besuchen.