Der Ordner auf den die Domain zeigt, wenn du nichts angibst (/var/customers/webs/BENUTZERNAME/) wird von Froxlor automatisch erstellen. Der dafür zuständige Cronjob läuft alle 15 Minuten, vllt. warst du zu ungeduldig - noch zu erledigende Jobs werden im Admin-Konto auf der Übersichtsseite rechts unten angezeigt.
Die Domain muss bei deinem alten Anbieter in den DNS-Einstellungen per A-Record auf die IP-Adresse deines vServers zeigen. Wenn du über die Domain auch E-Mails mit deinem vServer senden und empfangen möchtest, benötigst du zusätzlich auch noch einen MX-Record.