Ich habe ein ganz ähnliches Szenario, nur läuft der unbound bei mir in einem Container und versorgt meine anderen Container und VLAN Hosts.
Ich stelle immer mehr fest, dass ich noch zu wenig darüber weiss und das Internet auch nicht viel schlauer ist als ich.
Die Erfahrung habe ich auch gemacht. Ähnlich wie du hatte ich als Fallback öffentliche DNS Server konfiguriert. Dann habe ich festgestellt, dass je nach benutztem DNS Client das Verhalten komplett unterschiedlich ist. Einige wechseln im Fehlerfall, andere scheinen die Anfragen nach einem spezifischen Algorithmus auf alle konfigurierten DNS Server zu verteilen. Das Verhalten war nicht deterministisch, jedenfalls konnte ich kein Muster erkennen. Letztlich habe ich keine gute Lösung gefunden. Da muss man wahrscheinlich spezifisch für jeden Anwendungsfall und DNS Client draufschauen.