Grundsetzlich ist die Idee eine andere Partition zu verwenden keine schlechte!
Ich würde eine größerer Partition vorbereiten und min. 200 mb nehmen, 100 können, in meinen Augen recht schnell zu klein werden. Gerade wenn, wie in Deinem Fall schon geschehen, das Update nicht sauber durch läuft. Generell ist in meinen Augen eh eine gute Aufteilung der Partitionen, gerade im Webserver-Bereich, sehr wichtig. Zudem sollte man sich überlegen, ob eine laufende Kiste überhaupt ein Update benötigt.
*never change a running system*
- mounte die Boot-Partition nach /mnt
- mounte eine vorbereitete Partition nach /boot
-- jetzt kannst Du entscheiden, ob Du diese Parttition später auch als /boot verwenden möchtest
-- Boot-Flag setzen, sonst bootet die Kiste nämlich nicht
--- gegebenenfalls das Boot-Flag auf /mnt entfernen
- den gesamten Inhalt von /mnt nach /boot kopieren, mit den bestehenden Rechten, sonst könntest Du auch da Probleme bekommen
- /mnt aushängen
- mit der gemounteten /boot versuchen ein sauberes Update zu fahren
-- selbst wenn Du diese kaputt friemelst, hast Du immer noch die alte Partition, um das System zum Leben zu erwecken
--natürlich kann Dir auch die Snapshot-Funktion dabei helfen
Das sagt uns mal wieder, bei größeren, aber auch kleineren Änderungen am System, immer ein Backup oder Snapshot erstellen, bevor man die Prozedur anstößt.
So kann man jeder Zeit den Ursprungszustand wieder herstellen.
Viel Spaß beim Lernen.