siehe Anhang, irgend etwas stimmt mit dem sql dienst nicht oder? Es laufen wie gesagt 5 Webseiten mit ca. 5-7 kleinen Sql-dbs, ca 50 Besucher pro tag pro page...
Lass mal das Tuning-Primer-Skript laufen und handele erst einmal nach den dort empfohlenen Einstellungen. Das sollte gemäß deines Nutzungsverhaltens des MySQL-Servers schon einiges besser machen als die default-Konfig.