Ne, das mit der Aussage meinte ich so:
Du meintest: Es ist ein generelles Problem bekannt.
Felix hat es wohl so aufgefasst: Es ist ein Problem, an dem Netcup die Schuld trägt, bekannt.
Da habt ihr wohl aneinander vorbeigeredet, daher wohl so wenig Verständnis für die andere Seite.
Deine "erste Wissenslücke" ist keine. Klar muss eine Applikation sich nicht in die Init-Scripts oder eben Upstart eintragen. Aber die meisten machen es schon, allen voran natürlich der mysqld. Es ist keineswegs normal, dass man dort Hand anlegen muss, aber wie gesagt bei Ubuntu keine Seltenheit.
Dass das Problem vor dem Monitor sitzt, ist korrekt. Aber ich denke da nicht an den deinen. Es ist einfach so, dass die Repos von Ubuntu jede Menge Pfusch enthalten. Bei Debian (sorry, ich kann gar nicht genug betonen, was ich von Ubuntu im Gegensatz zu Debian auf Servern halte) wäre dies ein No-Go, was deshalb auch nicht vorkommt, dass Drittanbietetrsoftware so schlecht angepasst in die Repos kommt, dass es bei einer Installation zu solchen Problemen kommt. OK, dafür muss man auch länger auf die Aktualisierungen warten, denn die werden gründlich auf alle Fehler gecheckt.
Und keinesfalls will ich deine Kompetenz infrage stellen. Ich benutze meine Server auch nicht kommerziell, sondern bastle daran herum. Nette Gimmiks, die man eigentlich nicht braucht, die aber sehr schön sind. Mein Email-Verkehr und wichtige Websites hoste ich bei einem Webhoster. Aber z.B. Telefonserver, VPN-Server und solche Sachen, die eine tolle Sache sind, die mich im Falle eines Ausfalls jedoch nicht umbringen, hoste ich auf den vServern.
Aber Netcup hat ja schon wieder sehr kulant reagiert und schaut es sich an.
Bis dahin kann ich allen Neuinstallierern eigentlich nur raten, sich für das sehr ähnliche, da Ubuntu eben ein Abklatsch von ihm ist, Debian zu entscheiden. Da hat man viel weniger Ärger.
Generell gilt für mich:
Server: natürlich Debian!
Desktop: natürlich Ubuntu!