Bezüglich Joomla, glaube nicht, die Standardinstallation dient nur einem "Projekt".
Bei Typo3 kann man versch. Projekte versorgen, wenn man es entsprechend einrichtet.
Um mehrere Projekte zu bedienen müsste man Joomla 2x installieren.
Wieviele Scripte du auf deinem Websapce/Server einrichtest hat nichts mit der Paketdefinition von Confixx zu tun
die besagt nur wieviel Pakete du innerhalb Confixx installieren/verwalten darfst (parallel).
Manuell kannst du so viele Scripte einrichten wie dein Webspace an Platz hergibt.