Bei der Domain, wo die Änderungen nicht übernommen werden, ist DNSSEC aktiviert. Kann das die Probleme/Verzögerungen verursachen? Außerdem ist mir aufgefallen, dass alle DNS-Einträge der Domain unter 'gültig': 'unknown' stehen haben.
Ja, das kann Probleme verursachen. Ich hatte vor einigen Wochen wiederholt Probleme, was im konkreten Fall seitens des Supports mit Timeouts erklärt wurde. In dem Moment, in dem das "DNSSEC-Häkchen" gelöscht wird, sollten die Einträge korrekt veröffentlicht werden – allerdings dann für eine gewisse Zeit eben ohne DNSSEC, da diese Einstellung erst nach 24(?) Stunden wieder aktiviert werden kann.
Aufgrund eigener Erfahrung empfiehlt es sich, die DNSSEC-Einträge unter Verwendung externer Dienste regelmäßig auf ihre Gültigkeit hin zu überprüfen (unabhängig von/kurz nach vorgenommenen Änderungen), beispielsweise hier oder hier. Kundenseitig kann man in diesem Fall jedoch lediglich die DNSSEC-Einstellung deaktivieren (in der Regel nicht erwünscht; könnte ggf. auch die Netcup-seitige Fehlerverfolgung erschweren) oder den Support kontaktieren.