Da ist doch git vorhanden...
rsync ist auch im Vergleich zu git langsamer und Last hungriger, besonders wenn es viele Dateien sind (sieh hier für ein Beispiel - 10 Minuten mit git vs. 3-4 Stunden mit rsync).
Einfach eine oder mehrere git-Repositories anlegen (und/oder klonen) und die dann über git synchronisieren:
Remote (zu netcup) kann man wie folgt einrichten (in .git/config) :
[remote "netcup"]
url = ssh://hostingNNNNNN@example.com:22/path.git
# optional key (to sync without password):
puttykeyfile = /path/to/netcup-ssh-key.ppk
Man hat dann auch weitere Vorteile - es ist vollkommen versioniert: so man kann die komplette Historie verfolgen bzw. zu irgendeine Version zurückkehren, Teile aus der Historie wiederherstellen usw.
Und wenn die alte Historie irgendwann mal nicht mehr gebrauch wird, einfach synchronisieren, dann .git-Ordner löschen und mit neuer Repository ersetzen, oder einfach vom Grund auf einchecken (git checkout --orphan ... + commit) und alten Branch löschen, oder einfach mehrere Revisionen zusammenführen: