Duplicator ist genau so gedacht, dass man vorhandene WordPress-Setups durch ein Backup überspielt. Da soll bei einem Restore einer Sicherung eigentlich nichts vom alten Setup übrigbleiben, weil das ja der Sinn dieses Tool ist. Tatsächlich kann man mit Duplicator selbst auf ienem kompletten leeren Webspace eine Sicherung mit dem Installer-Script einspielen, weil Duplicator immer WordPress komplett sichert mit Datenbank und allen Dateien dazu.
Ich kenne jedenfalls keine Anwendung von Duplicator, bei der Dateien nicht überschrieben werden. Eventuell gibt es hier auch ein Mißverständnis, wofür dieses Tool eigentlich da ist. [...]
Du meinst hier sicher das vollständige Backup / Restore.
Es gibt aber 2 verschiedene Modi in Duplicator – ich nutze ihn seit mehreren Jahren, für rasche Backups nur der DB oder der kompletten Website.
Ich stehe in Kontakt mit dem Support, das fehlerhafte (ungewollte) Löschen geschieht unter ganz bestimmten, noch nicht näher geklärten Bedinungen.