Das Ganze ist auf einem Windows Server ein bisschen fummelig, wenn man nicht das pkcs12 Format hat. Such die erst mal eine OpenSSL Installation (gibts auch für Windows) und wandel die PEM Zertifikate in pkcs12 Bundle um.
Danach öffnest Du über mmc.exe das Zertifikate Snap-In für den Computer-Account. NICHT Benutzer, NICHT Dienst!
Nun unter "Eigene Zertifikate" -> "Zertifikate" -> Rechtsklick -> Alle Aufgaben -> Importieren und dort die p12 Datei importieren.
Die sollte nun dort mit dem korrekten Domain Namen in der Liste auftauchen. Wenn man den Eintrag doppelklickt sollte der Status des Certs valide sein und der "Zertifizierungspfad" vollständig sein. Wenn nicht, fehlt ein Zwischenzertifikat (aka Intermediate), das muss dann entsprechend unter "Zwischenzertifizierungsstellen" -> "Zertifikate" importiert werden.
Diesen Vorgang wiederholen solange bis die Kette als Vollständig und valide angezeigt wird.
Anschließend müsste das Cert in den Bindungen der IIS Website auftauchen und kann dort ausgewählt werden.