Also ich betreibe eine nextcloud Installation (allerdings mit einem 8000 Paket).
Das funktioniert soweit ganz ok. Sehe keinen Grund wieso das bei owncloud anders sein sollte. Klar die PHP Einstellungen sind nicht optimal und du wirst ein paar Fehelrmeldungen bekommen. Aber wenn du damit leben kannst 
Selbst typo3 v.9.0 läuft bei darauf (musste ich allerdings manuell installieren).
